Nós temos evidência que os átomos se combinaram, e isso traz uma pergunta, como eles se combinaram?
Em cima disso há teorias, modelos que explicam formas como isso poderia ter acontecido.
Mas você não encontra teorias científicas dizendo "foi assim que aconteceu e pronto", e sim dizendo "é assim que provavelmente aconteceu, baseado no que pudemos observar até hoje".
Como já foi dito antes, a ciência se baseia em admitir que nós não sabemos nada de forma definitiva, tudo está sujeito a ser revisto conforme novas evidências surgem.