No ano de 21XX, todos os Mavericks foram neutralizados, graças aos esforços de um cientista Reploid chamado "Dr. Doppler". Usando seu Neuro Computador, ele conseguiu suprimir qualquer comportamento anormal nos Reploids e os impediu de perder o controle. Muitos dos mais avançados Reploids o aclamaram como mentor e fundaram "Doppler Town", uma comunidade utópica. Com a liderança do doutor, o mundo parecia caminhar em direção a uma nova era de ouro...
Alguns meses depois, os Mavericks que pareciam neutralizados começaram subitamente a se revoltar... e no quartel general dos Caçadores de Mavericks, tudo indicava que o próprio Doutor Doppler estava por trás da invasão! Logo, veio um chamado para que X e Zero destruíssem os Mavericks revoltosos e levassem o Dr. Doppler à justiça.
Vocabulário Caçadores de mavericks: a força fundada pelo Dr. Cain e devotada a combater os Mavericks. Membros ilustres incluem X e Zero, e anteriormente Sigma. Muitos dos chefes de fase nos jogos de MMX eram anteriormente caçadores, como Storm Eagle, Blast Hornet, Overdrive Ostrich.
Maverick (ou "irregular"): um robô revoltoso contra a raça humana.
Reploid: após X ter sido encontrado pelo Dr. Cain, ele foi usado como protótipo de uma nova geração de robôs. Contudo, Dr. Cain não foi capaz de entender completamente a complexidade de X (originalmente criado pelo Dr. Light), e todos os reploids são avançados, mas não tão avançados quanto X. Um dos maiores defeitos é essa perda de controle, o que os torna "mavericks" (ou "irregulars", no original japonês).
Consulta Wiki bastante completa de Mega Man.